病毒性心肌炎是由于发生了病毒感染，由于病毒感染，病毒可以直接使心肌发生损伤，病毒也可以和机体发生免疫反应，由于免疫反应导致心肌发生免疫损伤，也可以使心肌造成损害，引起心肌的炎症。
病毒介导的心肌免疫损伤，主要是通过T淋巴细胞介导，并且还有多种细胞因子以及一氧化氮等参与，最终导致心肌受到伤害，引起心肌微血管出现损伤，从而损害心肌组织的结构和功能，造成病毒性心肌炎的发生。
病毒性心肌炎的严重程度跟心肌损伤的严重程度密切相关，如果发生弥漫性的心肌损伤，会导致重症或者暴发性心肌炎。