蹼状阴茎的患者，唯一的治疗方式是手术治疗。由于蹼状阴茎患者的阴茎皮肤和阴囊皮肤相融合，导致阴茎在勃起的时候会受到皮肤的牵拉，而无法正常勃起。
所以，对于性成熟的男性，蹼状阴茎会影响其正常的性生活。可以通过手术治疗，将阴茎和阴囊的皮肤分解，解除阴茎的牵拉，从而使得阴茎正常的勃起。蹼状阴茎患者一般仅有皮肤融合的异常，而无其它器质性疾病的改变。所以手术之后，预后也较好。
通过药物治疗无法治疗皮肤的融合，所以药物治疗对蹼状阴茎是没有效果的，通常临床上只能通过手术治疗。