包皮龟头炎发作时，需要内外同时治疗。首先是需要先行用抗生素抗感染治疗，可以根据导致包皮龟头炎的病原体，来选择相应的敏感的抗菌药物。
包皮龟头炎的外部治疗主要是应用抗菌洗液，比如乳酸溶液、醋酸溶液、高锰酸钾溶液、硼酸溶液等，在用清洗液将龟头及包皮内侧清洗之后，可以在局部涂抹消炎的软膏，以达到持久抑菌、杀菌的作用。
包皮龟头炎在发作期间应该禁止过性生活，并且如果出现包皮龟头炎夫妻双方要同时治疗，如果已经形成溃疡或糜烂要每天及时的换药，必要时在炎症控制之后行包皮手术治疗。