流行性腮腺炎在临床上并没有特效药物治疗，主要以抗病毒和对症治疗为主，可以在医师指导下服用双黄连胶囊、蓝芩口服液。也可以适当使用利巴韦林等广谱抗病毒西药，不过这种药物的副作用较大，一般情况下不建议使用。
流行性腮腺炎还容易引起脑膜炎、睾丸炎、胰腺炎等并发症，一旦发现，需要立即采取对症处理。如果合并睾丸炎，可以应用甲泼尼龙等激素进行抗炎治疗。
如果合并脑膜炎，要使用甘露醇进行降颅压治疗，同时也要应用营养脑神经的药物，比如奥拉西坦。患病期间也要经常漱口，保持口腔清洁、卫生，在饮食上要以质地柔软的食物为主。