手指根部疼痛可由以下原因引起：
1.手部外伤。尤其是掌指关节及周围外伤，引起手指根部疼痛，同时可有局部红肿以及活动受限表现。
2.掌指关节的慢性损伤。见于手部过度疲劳人群，如打字员、钢琴演奏人员等，长期疲劳损伤，引起的手指根部疼痛。严重可引起关节畸形及手指活动受限。
3.掌指关节的狭窄性腱鞘炎，表现为手指根部疼痛。尤其手指屈伸活动时，还可表现为疼痛部位有触痛性包块。建议根据具体情况，选择去医院骨外科就诊，明确诊断后治疗。