针对化脓性扁桃腺炎的疾病，可以根据病情的进展选择药物以及手术的方式治疗。
首先，如果是急性的化脓性扁桃腺炎，通常是选用敏感类或者是广谱类的抗生素药物，例如青霉素等进行扁桃体部位抗炎治疗。治疗期间，患者还可以使用呋喃西林溶液，或者是复方硼砂溶液等药物，来对扁桃体部位进行含漱，去除局部的脓性分泌物。
其次，如果在药物治疗后，化脓性扁桃腺炎反复发作逐渐转变成为慢性，扁桃体部位出现了明显的增生肿大，无法通过药物有效缓解，可以对扁桃腺部位进行手术的切除。