常见的肌张力障碍的病因，有大脑内基底神经节发生功能异常。
大脑控制肌肉的协调运动，是通过神经和神经之间递质的传递并产生电流来实现。在这过程当中，基底神经节起到了信息传输的作用。当功能出现异常时，大脑中枢便不能对肌肉收缩及舒张发挥正常作用，使局部肌肉异常收缩而出现肌张力障碍。
原发性的是由于基因突变，而继发性与大脑额叶功能，基地节区功能受影响有关，其中包括外伤、脑病、代谢疾病等。部分儿童因为在难产中缺氧等因素，出现继发性的肌张力障碍。