肛窦炎发生后，可以口服清热解毒、消肿以及保护直肠粘膜的药物治疗。
在人体的肛管皮肤与直肠交界部位，有一条大约2.5cm宽的交界带，称为齿状线。齿状线的上端有十余个肛腺的开口，称为肛窦。当进食较多的辛辣刺激性的食物，引起肛窦分泌量增加，容易引起肛腺阻塞，或者粪便内的细菌入侵肛腺，都会引起肛窦炎的发生。
肛窦炎通常会引起肛门持续的坠胀不适，此时可以口服清热解毒，以及消肿止痛等中药，配合外用粘膜保护剂缓解症状。