对于髓质海绵肾的治疗主要是针对并发症。髓质海绵肾属于先天性肾脏疾病，有的患者症状不明显，对于无合并症的患者，一般不需要进行治疗，需要定期随诊复查，监测病情变化。
海绵肾比较常见的并发症就是反复的尿路感染，需要给予敏感的抗生素抗感染治疗，临床上通常选择头孢类或喹诺酮类的抗生素。
如果尿钙升高合并肾结石，则需要进行碎石的手术治疗，并给予利尿剂降低尿钙的浓度，比如氢氯噻嗪等。
对于症状反复发作病变比较局限的患者，可以给予手术切除治疗。建议患者平时多喝水，少吃富含草酸和高钙的食物，注意休息，保证充足的睡眠。