得了肛瘘应该及时行手术治疗，因为只有通过手术治疗才能完全治愈。
如果患者的肛瘘正处于急性感染期，应该先采取保守治疗，控制感染症状，包括抗生素的使用，必要时可以扩大肛瘘外口，保持肛瘘瘘管引流通畅，待感染控制，瘘管周围组织炎性水肿消退以后，尽早手术治疗。
因为肛瘘不手术并不会自愈，而且有可能会因反复的感染，将单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘，增加后期治疗的难度，而且也有可能会出现恶变，临床统计显示10年以上的肛瘘恶变概率会增加。