芽生菌病的患者如果出现原发性肺芽生菌病，大多会有胸痛、低热、干咳、呼吸困难等症状。
大多是由于呼吸系统侵入真菌孢子，引起肺组织出现肺泡炎症性病变，或者有巨噬细胞以及中性粒细胞浸润引起局部形成肉芽肿性损害，或脓肿造成的病变表现，部分患者可能会自愈。
如果患者出现慢性皮肤及骨骼芽生菌病，大多表现为皮疹、脓包疹或者丘疹样改变，可能伴有皮下结节，也有的患者在病变局部形成结痂或者有溃疡改变，溃疡部位可能会有瘢痕的形成。