藿香正气水可以用来治疗感冒流鼻涕症状，但是主要适用于治疗风寒感冒所引起的相关症状，比如流清水鼻涕、打喷嚏，同时有上腹部的饱胀不适、没有食欲等。对于这种感冒症状，服用藿香正气水有较好的治疗和改善症状作用。
但若是感冒患者流黄鼻涕、咽喉肿痛、咳嗽、咽干等这类症状者，服用藿香正气水的治疗效果不佳，因为属于风热感冒类型，并不适用本品治疗。对这种症状需服用一些有清热解毒功效的药物进行治疗，比如维C银翘片、双黄连口服液等药物。