小儿家族性自主神经失调综合征是一种遗传性的疾病。目前主要是采取对症治疗的方法。比如使用抗生素来进行抗感染，使用阿托品类药物，治疗孩子出汗多、流口水。
用地西泮、氯丙嗪治疗孩子的癫痫发作、自主神经失调性的危象等。用甲基纤维素眼药水来保护孩子的角膜。对于脊柱发生畸形的，可以通过手术进行矫形治疗。
这个病目前还没有有效的预防方法，建议近亲不要结婚。孕妇在怀孕的时侯，做好遗传咨询和产前检查，听从医生的指导意见做好预防措施。经过积极的治疗，可以缓解症状，延长孩子的生命时间。