淋病和梅毒的主要区别在于发病的原因、身体表面的症状，以及治疗手段上。两种疾病虽然都属于性传播疾病，但是淋病本身属于淋病双球菌感染尿道柱状上皮，而引发的一种感染性疾病。而梅毒则是梅毒螺旋体感染人体之后引发的全身系统性的疾病。
从临床症状角度考虑，淋病是表现在尿道口出现明显化脓性分泌物的一种疾病，伴随着排尿疼痛或者出现明显的脓液，而梅毒则分为一级症状、二期症状和三期症状。
一期症状是硬下疳，表现在生殖器表面没有疼痛的软骨样溃疡，而梅毒二期症状则是周身出现玫瑰色的玫瑰疹，而梅毒三期症状则表现为鞍鼻，或者是出现明显的梅毒橡胶种。治疗方面，淋病建议选择头孢类药物，而梅毒建议选择青霉素。