膀胱炎的原因包括致病微生物感染、理化因素、医源性因素等。
大肠杆菌、变形杆菌、粪球菌等普通细菌侵犯膀胱黏膜，会引起膀胱炎。但是特异性的细菌也会引起膀胱炎，比如结核杆菌、毛滴虫等。一些理化因素也会导致膀胱炎，比如化学药物刺激、放射性的射线，还有一些免疫因素等。最常见的间质性膀胱炎就是上述因素导致的，目前发病机理还不十分了解。
尿道镜检查、膀胱镜检查、导尿管置入术后等情况也会出现膀胱炎，主要是因为操作过程中细菌进入膀胱。