支气管肺泡灌洗对于患者来说，还是感觉到明显的痛苦感，通常有明显的不适。支气管肺泡灌洗多是在支气管镜的操作下进行的，气管镜操作患者多有明显的痛苦感，例如咽喉部的不适、呼吸困难、咽喉疼痛、呛咳等。部分患者还可诱发心慌、胸闷、胸痛等不适。
另外，患者在行局部的肺叶、肺泡灌洗时，因灌洗液刺激患者出现呛咳、胸闷、呼吸困难，部分患者还可以产生焦虑、紧张的情绪等。
另外，如果患者在行全肺叶的肺泡灌洗时，此时多需要在全麻的情况下进行，全身麻醉对患者来说也有明显的不适感，故支气管肺泡灌洗的操作，对患者来说还是有明显的不适，在术前要向患者做好解释工作，避免其发生紧张、焦虑的情绪，诱发患者的不适感。