甲状腺功能五项一般不能诊断出甲状腺囊肿。
甲状腺囊肿一般不会引起甲状腺功能异常，所以其甲状腺功能检查多呈正常表现，但是可以通过甲状腺彩超来明确诊断。对于甲状腺囊肿的治疗，如果囊肿不大，一般不需要特殊治疗；如果囊肿比较大，可以通过手术抽取囊液。
另外，可引起甲状腺功能异常的病因有亚临床性甲状腺炎、甲状腺功能减低、甲状腺功能亢进等，治疗上多采取对症治疗，予以补充甲状腺激素或者抗甲状腺素等治疗。