尽管隐匿性肾炎和慢性肾炎都是属于肾小球疾病，但是这两种疾病无论是从临床症状、治疗方法和预后都有明显的不同。
首先从临床症状方面，隐匿性肾炎一般不伴有血压升高、无肾功能下降、24小时尿蛋白定量约为1克左右，而慢性肾炎24小时尿蛋白定量约为2克左右，一般会有不同程度血压升高、肾功能不全。
2、从治疗手段来比较的话，隐匿性肾炎患者可以没有特殊有效的治疗方法，主要是采取随访尿常规、肾功能、血压的变化，并不需要特殊治疗。而慢性肾炎患者如果合并有高血压、大量蛋白尿的情况下，应当积极进行降血压、降蛋白尿的治疗。
3、隐匿性肾炎一般预后较好，很少会发展成为尿毒症。而慢性肾炎患者通过合理的治疗以后，肾功能可以得到延缓，但是大部分慢性肾炎患者，会随着病情的进展会出现尿毒症。