骨囊肿的形成目前尚没有明确的结论，有研究表明，可能是由于髓腔内的静脉阻滞导致髓腔内的压力增高，从而引起液体潴留，导致了骨囊肿的发生。
那还有一部分学者认为，是由外伤出血引起凝血的聚集纤维化，导致髓腔内的骨质吸收而形成。骨囊肿是一种良性的瘤样病变，高发于青少年儿童，部位是长骨的干骺端。
骨囊肿在生物学行为上有自限性，部分患者可以自愈。但是随着囊肿的增大，发病部位可能会出现病理性的骨折，甚至出现畸形，所以要密切观察，必要时采取治疗。