可以用的药物有很多，需要根据具体的腹泻病情、病因进行选择和组合。
小儿腹泻也分为很多种，大体上分为感染性和非感染性腹泻。感染性腹泻包括细菌性感染、病毒性感染、真菌性感染等，每一种感染类型所选择的药物也有不同。细菌性的可以使用青霉素和头孢类的药物，病毒性的没有特效药物，可以适当地对症治疗，真菌性的选择抗真菌药物治疗。
对于非感染性的腹泻也有很多原因，常见的是乳糖不耐受性腹泻，需要口服乳糖酶进行治疗。奶蛋白过敏性腹泻，需要脱敏治疗，使用氨基酸奶粉，也有很多消化不良性腹泻，需要给予助消化的药物。脾胃虚弱性的腹泻要给予健脾、健胃的药物，常用的有小儿健脾开胃合剂。