沙眼患者吃的药物有很多种，具体还应结合患者病症表现、病情轻重、并发症等情况综合分析。
沙眼主要是由于感染沙眼衣原体而致病，在治疗方面主要以抗生素类药物为主。例如在沙眼病情发作期，可给予眼部局部的抗生素类眼药水，例如利福平、红霉素、四环素等眼药水点眼治疗，也可视情况配合全身性抗生素类药物治疗，例如阿奇霉素等口服药物。
如果沙眼后期并发眼睑内翻、倒睫等并发症，无法通过药物来缓解症状，多以手术治疗为主。