牙周脓肿可以吃一些阿莫西林、头孢，以及甲硝唑、替硝唑等抗生素来进行治疗，也可以使用一些漱口水，比如氯己定漱口液等来进行辅助治疗。
牙周脓肿主要是由牙周炎发展到晚期而形成，药物治疗牙周脓肿虽然具有一定的缓解作用，但是是治标不治本，牙周脓肿还需要针对病因进行治疗。
导致牙周脓肿最根本的病因是牙菌斑和牙结石，因此需要通过龈上洁治术以及龈下刮治术来彻底的清除菌斑，必要时还需要进行牙周翻瓣术清除根面的菌斑和结石，以此来促进牙周脓肿的快速消退。