胃镜检查对食道会有一定的损伤，但是具体的损伤程度因人而异。胃镜检查属于一种有创的操作，在操作时会对食管造成一定擦伤，但是多表现为轻度的擦伤。目前在进行胃镜检查时，会让患者喝一些润滑剂，这样就能够减轻对食道黏膜的摩擦性。
在进行胃镜检查之前也需要做一些准备，尤其是在检查前的前2天要以流质饮食为主，检查的当日需要禁食8小时以上，这样检查的结果更为准确一些。
在进行胃镜检查时，可以更准确地观察到胃内是否有异常现象出现，也可以取异常组织进行活检。