由于妇科囊肿的位置、大小以及性质不同，所以妇科囊肿到底会出现什么危害，就要因人而异。
比如是妇科的宫颈纳氏囊肿，通常都没有任何的危害，大多数是属于生理性的改变，主要是因为宫颈腺管内液体淤积导致，一般也不会对女性的身体产生不良影响，所以也不需要做特殊处理。
但如果是妇科的卵巢囊肿，而且囊肿小于5cm，这时候也没有特别的危害，只是可能会在同房刺激，或者剧烈运动以后出现囊肿破裂的现象。