阴道有褐色分泌物可以分为两大类，一类是生理性的，一类是病理性的。首先考虑生理性的原因，比如排卵期出血、受精卵着床出血等，排除了生理性的需要进一步分析。病理性的原因有宫颈息肉、子宫内膜息肉、黏膜下子宫肌瘤、宫颈肌瘤、宫颈病变、子宫内膜病变等，都可能会出现阴道褐色分泌物。
另外如果是绝经以后的女性，患有老年性阴道炎严重的时候也可以出现褐色分泌物。如果女性宫腔里带有节育器，节育器刺激子宫内膜也会出现褐色分泌物。另外在怀孕相关的有先兆流产、宫外孕也可能出现阴道褐色分泌物。