角化囊肿是否为大手术取决于囊肿大小和部位。大部分人认为角化囊肿发生于牙源上皮发育异常的早期阶段，即牙板及其剩余，具有侵袭性，虽然为良性肿瘤，但是也会发生恶变。
如果是比较大的囊肿，并且压迫重要脏器，甚至进入周围软组织，与周围组织粘连，手术难度较大，因剥离周围组织困难，还容易损伤重要部位，引起并发症。
如果囊肿比较小，没有压迫症状，与周围组织无粘连，手术一般较容易，为一种小手术，只需切除干净即可，无需考虑其他部位。