肝结石会导致肝功能的异常。肝结石本身可以刺激和损伤肝细胞，造成组织的炎症和水肿，使肝脏的功能出现异常。肝结石还可以堵塞肝内胆管，造成胆汁的淤积，肝脏内部的胆汁如果不能及时排出，会增加肝脏的负担造成肝脏的损害。
通常情况下，肝内胆管结石造成梗阻的概率较低，因为肝内胆管的分支很多，其他通道可以起到代偿的作用。
肝结石的患者如果没有进行早期的诊断和治疗，有一定几率会造成肝脏的癌变。所以一旦发现肝结石，要及时的检查和处理，防止病情恶化。