肛门夜间奇痒可能是因肛周湿疹导致的，患有肛门湿疹时肛门的皮肤一般会有潮红、丘疹、水泡、糜烂、结痂、色素新生，同时带有瘙痒的过程，起病初期皮肤上可出现红斑、丘疹，丘疹逐渐会出现渗出、糜烂。
患者因剧烈骚痒不停地骚抓肛周导致皮肤感染，出现小脓包、丘疹及小脓包破溃后流出大量的液体和脓液，患者会感到肛周瘙痒更加剧烈难以忍受，呈间歇性或阵发性，夜间剧烈。
还可能是因蛲虫病导致的，蛲虫是肠道寄生虫，夜间蛲虫在肛门处活动也可以导致肛门瘙痒不适。