儿童的偏头疼是病因不是十分清楚的神经系统的疾病，有一定的家族性，和情绪的紧张、激动、劳累有一定的关系，可能和5-羟色胺分泌增多，影响颅内血管导致头疼的发作。
儿童的偏头疼不仅限于头疼，大部分孩子同时还会有腹痛的症状，父母亲有这类疾病的孩子大多数也有。头疼的时候厌光喜暗，头疼的时候同时会出现呕吐和腹痛的症状。
孩子的偏头疼大部分预后非常好，随着年龄的增长，头疼自发性会减轻，完全缓解率也比较高。