婴儿患脑炎大部分都能治好。小婴儿患脑炎到底能否治好，与感染病原体的不同、感染的部位是否存在并发症，以及是不是及时治疗和小婴儿本身的免疫状态，这些因素都密切相关。
如果小婴儿患脑炎本身症状不重，而且又能够及时治疗，通常还是可以治好。但是，也有少部分脑炎小婴儿有可能会遗留下一些后遗症，比如癫痫、视力的缺损、听力的损伤，肢体瘫痪等，都有可能发生。
如果是这个病原体，病毒性脑炎相对治愈率比较高，而流行性乙型脑炎、流脑等起病相对凶险，治愈率相对就比较低一些。