膈扑动的治疗，主要是针对病因的处理。对于症状明显的病人，可以给予适当的镇静，缓解病人的发作状态，改善症状。如果病人发作频繁，严重影响了病人的生存质量，则可以进行膈神经的离断手术。另外，膈肌肉体外起搏以及膈肌神经的电治疗，也有一定的效果。
如果病人发作，严重影响呼吸，甚至出现了窒息，则要迅速的进行处理，可以进行气管插管、机械通气或者是气管切开。因此膈扑动的处理，要具体病情具体分析，根据病人的状态选择合适的治疗方案。