喉咙长泡的原因不同，治疗方法也不同。
首先，考虑可能是淋巴滤泡增生，一般都是因为慢性炎症刺激而导致。例如慢性咽炎，一般是口服有治疗咽喉炎作用的中成药制剂，例如金嗓利咽丸、甘桔冰梅片、蓝芩口服液等，一般在服药一段时间之后，滤泡会明显减少或消失。
其次，可能是疱疹样改变，比较常见的是疱疹性咽峡炎，通常都是因为病毒感染引起。治疗主要是进行抗病毒治疗，例如口服蒲地蓝消炎口服液、蓝芩口服液等抗病毒中成药或口服利巴韦林等抗病毒西药。