结核耐药的患者其临床症状也有可能随之会加重或是反复，此时可出现结核的中毒症状，例如低热、消瘦、乏力等。
部分严重耐药肺结核，还可以出现高热，可以出现咳嗽症状加重，部分可以出现咳痰量增多，以及反复咯血等相关临床症状。如果肺部感染程度较为严重，患者还可以出现胸痛、喘闷等症状。如果耐药结核杆菌发生肺外器官播散，此时亦可导致相应器官功能受损的临床表现。
当然，结核耐药会使患者治疗效果也不佳。但要注意，耐药结核分枝杆菌感染的症状有时并不典型，其重点还是需要完善结核杆菌的病原学检测评估其耐药程度，并根据药敏试验指导其规范的抗结核治疗。