大多数情况下，肛门出血可以自愈，少部分可能需要用药或者手术治疗。
肛门出血病变原因较多和大便干燥、痔疮、肛裂、肛周脓肿等肛肠科病变相关。如果是大便干燥导致的肛门出血，调整排便习惯，大便通畅以后，出血症状就可以停止。痔疮患者也可以采取保守治疗措施，帮助改善肛门出血的症状。
如果是肛裂、肛瘘、肛周脓肿等病变，肛门出血很难自愈，需要及早去肛肠科就诊。很多保守治疗效果不好，病情无法恢复，必须积极手术，将肛裂伤口切除、将肛瘘瘘管切除、将肛周脓肿进行切开引流，同时配合抗生素药物抗炎治疗，才能够彻底治愈病变。