肾结石和肾囊肿的发病实质不同。肾结石是尿液内碳酸钙和尿酸形成的结晶，属于肾脏之外的物质。肾囊肿是肾脏的实质发生的病变，是由局部的肾小管扩张导致形成。
肾结石和肾囊肿的临床表现不同，稳定的肾结石可以没有任何临床表现，肾结石活动时会出现腹痛的症状。肾囊肿大多数没有明显的临床表现，可以在体检时发现肾脏的病变。
肾结石和肾囊肿的治疗方式不同，肾结石可以通过利尿促进结石的排出，严重的需要手术治疗。大多数肾囊肿不需要特殊治疗，病情严重的可以手术切除。