小孩脑灰质异位手术的危害是会导致脑细胞死亡或脑神经异常，严重影响患者的生存期。
脑灰质异位，在做手术前需要做详细的影像学检查，而且医生也要制定合适的手术方案，这样才能最大限度地降低手术风险。脑灰质异位是胚胎时期神经迁移异常或室周基质内神经母细胞凋亡失败，导致皮质下神经元不能迁移到正常部位，从而诱发的皮质发育畸形疾病。
引起脑灰质异位的原因包括遗传、毒物、药物、病毒感染、代谢异常等，临床表现为癫痫发作、精神智力发育障碍、神经系统功能障碍。