色素痣和交界痣的区别在于疾病的范围。色素痣的范围较广，除了包括交界痣以外，还包括混合痣和皮内痣。而交界痣仅只是其中的一种而已。
从发病原因角度考虑，色素痣主要是由于皮下色素细胞分泌较多的黑色素颗粒，而色素颗粒在皮肤堆积而形成的这种情况。一般是分布在真皮与表皮交接部位基底膜带的色素痣，称之为交界痣。这种情况是性质相对稳当的一种色素痣，一般不会出现过于明显的变性。
而对于混合痣和皮内痣，是突起于皮肤的色素痣，因为这些色素颗粒在皮肤结节的位置相对较深。