肾囊肿不能自愈。临床上肾囊肿主要分为两类：
第一种，就是单独性的肾囊肿，此种肾囊肿是出生之后形成的，多以一侧肾脏多见。单独肾囊肿病情相对比较稳定，对肾组织没有明显的损害，但是肾囊肿不会自行消失，属于肾脏内的结构扩张导致的，是气质性的病变，也无法通过药物治疗。特别大的肾囊肿需要进行手术治疗。
第二，有一部分肾囊肿的患者是多囊肾，多囊肾属于染色体的缺陷导致的，没有特殊的治疗方法，病情还会持续不断的进展。