重症眼肌无力的患者，首先应口服胆碱酯酶抑制剂，比如溴吡斯的明，来改善患者肌无力的症状。对于单纯口服胆碱酯酶抑制剂效果差的患者，可以联合口服激素或免疫抑制剂进行治疗。常用的口服激素药物是强的松，常用的免疫抑制剂有硫唑嘌呤、环抱素A、环磷酰胺、他克莫司、吗替麦考酚酯等。此外，需要完善胸腺CT和MRI检查，如果发现有胸腺瘤的话，通过手术切除胸腺的办法，可以改善大部分患者的临床症状，有些患者甚至可以自愈。但是有些患者即使切除了胸腺，仍然需要长期服药来控制症状。