女性肾囊肿的发病原因比较多，可以包括：
1.遗传因素。有一部分女性发生肾囊肿后，进行家系调查发现有家族遗传倾向。肾囊肿的发病率比较高，性别差异不明显，与基因突变有关系，一般情况下属于常染色体显性遗传。通常没有临床症状，进行健康体检时候发现。
2.先天性的发育异常也是主要原因之一。由于在胚胎发育的过程中，肾小管先天性的发育不良而出现肾单位的梗阻，尤其是肾小管逐步形成肾囊肿。
3.当各种肾实质性疾病发生时，由于缺血和局部的炎症时会使肾小管阻塞而出现肾囊肿。