肚脐眼里面隐隐疼，可能是细菌感染、消化不良、阑尾炎等原因引起。
如果经常抠肚脐眼，由于局部皮肤比较娇嫩，出现皮肤破溃引发细菌感染，从而导致渗出较多液体，引起肚脐眼里面隐隐疼。需要给予抗生素药膏局部治疗，必要时结合口服抗生素控制炎症，才可以改善疼痛。
消化不良，由于过多食物囤积在胃肠道内，也可导致肚脐眼里面隐隐疼，伴有嗳气、食欲下降等表现。
除此之外，阑尾炎在起初发病的时候也出现肚脐眼疼痛，随后几个小时可转移到右下腹疼。克罗恩病、脐带畸形也可引起肚脐眼疼。