先天性喉闭锁的疾病一般预后不良，是由于疾病的发病人群特征、病情表现等因素所决定。
一方面，先天性喉闭锁属于一种先天性发育异常，疾病人群主要是新生儿，其在胚胎发育时期喉腔就没有正常形成，导致新生儿在出生后即出现不能正常呼吸的表现。但由于新生儿年龄较小，身体耐受能力较差，因此对治疗的效果会有影响。
其次，针对新生儿不能正常呼吸的病情表现，想要对疾病进行治疗，通常需要根据患儿的情况，对喉部的膜性闭锁进行穿透或者是直接进行气管切开，此类治疗方式的创伤均比较大，因此预后较差。