肺部真菌感染有可能会引起血液真菌感染，血液真菌培养阳性有利于确诊一些机会性致病的真菌，例如白色念珠菌感染引起的肺炎。除此之外，一部分肺部定植性真菌，例如曲霉菌不会进入血液，但是会分泌毒素入血，引起全身炎症反应。
肺真菌感染常见于免疫力较低下的人群，包括艾滋病患者、接受放化疗的肿瘤患者、因为器官移植，或者其他疾病长期使用免疫抑制剂的患者。
真菌感染的治疗一般首选抗真菌药物，但是如果真菌在肺内增生形成球形组织，例如曲霉球引起咯血，可以考虑手术切除治疗。