间质性膀胱炎的常见症状为疼痛。
如果患者为男性，通常会引起肛门以及阴囊之间的区域出现疼痛，在性生活时也可出现性交疼痛。如果患者为女性，疼痛的区域通常在阴道与肛门之间，当膀胱过度充盈时疼痛感会加强，排尿以后疼痛可缓解。还容易引起排尿异常，比如持续性的尿急、尿频等，每天的排尿次数可达数十次。
长期存在间质性膀胱炎还会严重影响到患者的睡眠质量，会使患者的精神和心理压力增大，甚至会引起抑郁症。因此，在确诊为间质性膀胱炎后，应尽早地进行药物治疗或手术治疗。