功能性不射精症的病因较为复杂，临床分为继发性、选择性、偶发性三种。
第一，继发性不射精症。婚后曾有过正常的射精，但因精神创伤和心理的病态而失去射精能力，如性无知、性交方法的不当或长期手淫、不正当的性交被人发现后受到责怪等，可形成病态心理，以至于正常的性交反而失去射精能力。
第二，选择性不射精症。本类患者表现为性交时不射精，而手淫或女方以手或其他非性交方式刺激时则能射精。
第三，偶发性不射精症。偶发性不射精症的发病原因多为性交过频所致。如果过频的性交，不仅排净储备的精液，而且使射精中枢由过度的兴奋转为抑制，导致不射精症。