儿童脑炎的危害主要和病情轻重程度相关。如果是比较轻微的儿童脑炎，经过及时抗炎以及治疗，病情能够很好痊愈，不会对儿童造成太大危害。
但如果是比较严重的儿童脑炎，会导致出现惊厥、意识障碍、昏迷等。经过积极治疗，部分患儿可能会影响正常的脑细胞功能，导致出现运动神经系统功能障碍、智力发育异常，以及神经精神异常、语言发育迟缓等严重危害。如果儿童脑炎引起严重脑水肿、脑疝等，甚至会导致儿童死亡的严重后果。
因此，儿童脑炎要进行及时、系统治疗，病情好转后早期进行脑康复训练，尽最大可能将危害降到最低。