通常脑血栓需要长期服用拜阿司匹林及阿托伐他汀，其他用药则需要根据患者的病因及血管筛查结果选择，其发病原因包括高血压、糖尿病、高脂血症、高尿酸血症及高同型半胱氨酸血症。
高血压患者服用降压药，糖尿病患者服用降糖药及胰岛素皮下注射，高脂血症可服用降脂药。高尿酸血症可以服用别嘌醇及碳酸氢钠。高同型半胱氨酸血症，则服用甲钴胺、叶酸和维生素B6。如果血管筛查结果有大动脉的严重狭窄，支架植入后，则需要服用拜阿司匹林联合氯吡格雷口服半年。
如果筛查病因为心源性栓塞，则不需服用拜阿司匹林和氯吡格雷，而是选用华法林或利伐沙班等抗凝药。