肛门有肉疙瘩很疼，可以结合病情采取药物治疗或者手术治疗。
1.药物治疗，针对病情不是特别严重的，虽然出现疼痛情况，可以在医生指导下进行药液坐浴，有消肿止痛的功效，还能够帮助改善瘙痒症状。坐浴结束以后，可以在肛管内填塞痔疮栓、痔疮膏，同时口服非甾体抗炎药，能够帮助改善疼痛症状。
2.手术治疗，主要针对病情复杂、病史较长的患者。通过正规治疗以后，症状改善不是特别明显，这种情况下就要考虑手术治疗，由于病情不同，手术方案也略有差异。如果是痔疮，手术方案主要以传统外剥内扎手术方式为主。如果是肛裂病变，在切除肉疙瘩的同时，还需要将陈旧性肛裂伤口切除，从而治愈病变。