3个月不来大姨妈的原因可能有：
1.怀孕导致。生育年龄的女性如果出现3个月不来大姨妈，就应该考虑有怀孕可能，可以进行超声检查，看宫腔内是否有胎儿。如果宫腔内没有胎儿，可以进行血HCG检测，协同排除怀孕。
2.内分泌失调导致。当女性出现激素水平紊乱、黄体功能不足、卵巢早衰、多囊卵巢综合征、甲状腺功能低下、高泌乳素血症等疾病的情况下都可能导致大姨妈3个月不来。可以进行激素六项检测、甲功检测，必要的时候可以进行蝶鞍部核磁检测。
3.女性如果由于多次进行人流手术或者刮宫手术，可能会导致子宫内膜过薄、宫腔粘连或宫颈粘连，也会导致3个月不来大姨妈。