复杂性尿路感染的治疗主要是抗菌药物足够疗程应用，使感染得到有效控制。根据伴随的结构以及功能异常，必要时还需要手术方式解除梗阻、排出结石等治疗措施，避免病情进一步发展而影响到肾脏功能。
感染的急性期需要对症给以退烧，以及止痛等药物。治疗期间避免剧烈运动以及重体力劳作，坚持增加饮水，促使尿液量生成增多，有利于泌尿道感染后的炎性分泌物排出。
为了获得确切的抗炎效果，最好是结合药物敏感试验，针对致病菌选择敏感的抗生素药物抗炎治疗。